Oprávněné osoby, tj. církve a náboženské společnosti, mohou podávat výzvy podle § 9 zákona č. 428/2012 Sb., o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi ve lhůtě 12 měsíců ode dne nabytí účinnosti zákona, popřípadě od pravomocného rozhodnutí soudu o žalobě dle § 18 odst. 1 zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi, kterým bylo určeno vlastnické právo státu, na jakékoliv organizační jednotce Státního pozemkového úřadu, tj. na ústředí (Husinecká 11a, Praha 3 – Žižkov) a krajských pozemkových úřadech.

Ve výzvě oprávněné osoby označí zemědělskou nemovitost a uvedou právní důvod nároku na její vydání. Dále doloží, že zemědělská nemovitost náležela do původního majetku registrovaných církví a náboženských společností, předloží listiny, ze kterých vyplývají skutečnosti, v jejichž důsledku došlo v rozhodném období tj. od 25. 2. 1948 do 1. 1. 1990 k majetkovým křivdám, a připojí listinu prokazující právní nástupnictví nebo právní nástupnictví jinak osvědčí. Výzvy mohou oprávněné osoby doručovat poštou i osobně.

Státní pozemkový úřad má od podání výzvy ze zákona 6 měsíců na prověření všech doložených údajů a uzavření dohody o vydání zemědělské nemovitosti. Poté běží lhůta 6 měsíců až jeden rok na schválení této dohody ve správním řízení. SPÚ je ze zákona pověřen schvalovat nejen dohody, které sám uzavře, ale i dohody uzavřené mezi církvemi a jinými povinnými osobami v případech, kdy se jedná o zemědělské nemovitosti. Po schválení bude dohoda spolu s rozhodnutím o vydání předána se žádostí o vklad příslušnému katastrálnímu úřadu, který rozhodne o vkladu vlastnického práva do katastru nemovitostí. Pokud nebude ve stanovené lhůtě dohoda o vydání uzavřena, oprávněná osoba ve lhůtě 6 měsíců od uplynutí lhůty vyzve SPÚ k tomu, aby o vydání zemědělské nemovitosti rozhodl ve správním řízení. SPÚ toto rozhodnutí učiní ve lhůtě 6 měsíců až jednoho roku. Rozhodnutí o vydání zemědělské nemovitosti opět podléhá vkladu do katastru nemovitostí. Žádost o vklad je oprávněn podat pouze účastník správního řízení před SPÚ.